Современная история Центра началась в 1988 году, когда Институт профилактической кардиологии, входивший в состав Всесоюзного кардиологического научного центра АМН СССР, был преобразован в самостоятельное Федеральное государственное учреждение.
За прошедшие годы НМИЦ ТПМ сыграл большую роль в развитии профилактической медицины в России и за рубежом, наладил тесные контакты с ведущими международными организациями, работающими в области профилактики неинфекционных заболеваний. Среди них — Всемирная организация здравоохранения, Европейская сеть содействия оздоровительной физической активности, Международный союз по борьбе с туберкулезом и легочными заболеваниями и другие крупные научные центры Европы, США и СНГ.
Сейчас Центр решает крайне актуальные задачи сохранения и укрепления здоровья россиян, снижения заболеваемости и смертности от основных хронических неинфекционных заболеваний.